Школа була заснована 15 квітня 1961 року як Чорнобаївська школа-інтернат для дітей-сиріт, дітей з багатодітних та малозабезпечених сімей.
У 1976 році школу відбулась перша реорганізація в навчально-лікувальний заклад Чорнобаївська санаторна школа-інтернат для дітей, хворих на сколіоз.
Друга реорганізація відбулась у 1997 році. Санаторну школу-інтернат І-ІІ ступенів було реорганізовано у заклад І-ІІІ ступенів. А вже з 01 вересня 2004 року перейменовано у Чорнобаївську санаторну загальноосвітню школу-інтернат І-ІІІ ступенів Херсонської обласної ради. Ця назва зберігається і по сьогоднішній день.
Сьогодні школа є навчально-виховним та лікувально-реабілітаційним закладом, що забезпечує поєднання загальної середньої освіти в обсязі державних вимог та комплексної, довгострокової реабілітації хворих дітей на сколіоз як основи для їх повноцінного розвитку та самовизначення у суспільстві.